В рамках административной организации ВМС США состоят из двух флотов (fleet): Атлантического (Atlantic) и Тихоокеанского (Pacific), которые в свою очередь включают в себя различные командования однородных сил флота (Type Command – TYCOM), представляющих собой объединения или крупные соединения, подразделяющиеся далее на группы, бригады, эскадры и дивизионы.
Обычно флот включает в свой состав несколько корабельных формирований и флотские силы морской пехоты (Fleet Marine Force – FMF).
Корабли и суда сводятся в группы (авианосные (carrier group – CARGRU), крейсерско-миноносные (cruiser-destroyer group (CRUDESGRU), амфибийные (amphibious group (PHIBGRU), подводных лодок (submarine group (SUBGRU), судов тылового обеспечения (logistics group (LOGGRU), и так далее), которые далее могут подразделяться на эскадры (squadron – sqdn). Например, авианосная группа может быть сформирована из авианосца с авиационным крылом на борту, который считается главным кораблем группы, и пары крейсеров в качестве кораблей эскорта. Кроме того, в ее состав могут включаться эскадра эсминцев (destroyer squadron – desron), эскадра амфибийно-десантных кораблей (amphibious squadron – phibron) а также суда тылового обеспечения.
Дивизионы (division – div) в настоящее время используются весьма редко и представляют собой формирования из двух (реже более) кораблей однородных сил.
Бригады или флотилии (flotilla – flot) также более не используются ВМС США, однако сам термин применяется для обозначения формирований из нескольких эскадр на флотах других государств.
Эскадра же (амфибийно-десантных кораблей (amphibious squadron – phibron), эсминцев (destroyer squadron – desron), минно-тральных кораблей (mine countermeasures squadron – mcmron), подводных лодок (submarine group (SUBGRU) и так далее) обычно состоит из шести боевых кораблей или двух и более дивизионов.
Административная организация является постоянной. Во главе находится министр обороны (Secretary of Defense – SECDEF), далее в порядке подчиненности идут министр ВМС (Secretary of the Navy – SECNAV), начальник штаба ВМС (Chief of Naval Operations – CNO) и комендант морской пехоты (Commandant of the Marine Corps – CMC) и, наконец, командующие Тихоокеанским (Commander, Pacific Fleet – COMPACFLT) и Атлантическим флотами (Commander, Atlantic Fleet – COMLANTFLT) и силами резерва ВМС (Commander, Naval Reserve Force).
В подчинении каждого командующего флотом имеются пять командующих однородными силами флота (type commander), в ведении которых находятся силы и средства соответствующих категорий: воздушные силы флота (Naval Air Force), надводные силы флота (Naval Surface Force), подводные силы (Submarine Force), силы и средства учебного командования (Training Command) и инженерно-строительные войска флота (Naval Construction Force).
Все корабли, авиационные средства и войска организационно сводятся в формирования по родам. Так, авианосцы, авиационные эскадрильи и авиабазы административно подчиняются соответствующему командующему воздушными силами флота. Подводные лодки – командующему подводными силами. Все остальные корабли и суда – командующему надводными силами флота.
В 2001 году командующий Тихоокеанским флотом был одновременно назначен командующим и вновь сформированным командованием сил флота (Fleet Forces Command – FFC). А в 2006 году начальник штаба ВМС США отменил должности командующих Тихоокеанским флотом и силами флота и заменил должность командующего силами флота на командующего силами флота США (Commander, U.S Fleet Forces Command – COMFLTFORCOM), который отныне в административном отношении стал подчиняться непосредственно начальнику штаба ВМС. Заняв эту должность, командующий силами флота США получил в подчинение в дополнение к силам Тихоокеанского флота командование морских перевозок США (Military Sealift Command – MSC), командование минно-тральных и противолодочных сил ВМС (Naval Mine and Anti-Submarine Warfare Command – NMAWC), командование обеспечения экспедиционных сил флота (Navy Expeditionary Combat Command – NECC) и ряд других сил.
